PHPのバージョンを5.3にアップしたところ解決いたしました。
ありがとうございました。

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ご利用のサーバ：ロリポップ
MODXのバージョン： 1.0.6J-r4
PHPのバージョン： 5.2
MySQLのバージョン： 5.1.34
ブラウザ： IE 9
メラー：　Becky
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eFormを使いメールを受け取ると２バイト文字が文字化けしてします。
subjecは、文字化けしていません。

設定は、こちらのサイト様の設定を参考にさせていただきました。
http://modx.geo.jp/snippets/basics/eform.html

お手数ですが、お力をお貸しください。