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1.0.5あたりからだと思いますが、Inherit Parent Templateが無効化され、同機能がコアのグローバル設定（デフォルトテンプレート）に吸収されたと思います。デフォルトテンプレートをシブリングに設定した場合、メインメニューから「リソースの追加」や「ウェブリンクの追加」を指定した場合でも、一番若いIDのリソースのテンプレートが適用されてしまってる気がします。親が不在（ルート）の場合は、デフォルトテンプレートで指定したテンプレートを適用すべきと考えますがいかがでしょう？

理由１）
ルート配下のIDが一番若いリソースは、いわゆるホームページ／indexになることが多く、索引ページは他のページとは異なるテンプレートにすることも多いのではないかと思います。仮にそうであった場合、メインメニューの「リソースの追加」や「ウェブリンクの追加」を実行すると、索引ページ用のテンプレートが適用されてしまい不都合が発生します。

理由２）
不採用になったInherit Parent Templateは、ルート直下にリソースを作る場合は何もしないで抜けてるようです（結果的にデフォルトテンプレートが適用される）。

現バージョンでこの問題を回避する方法）

• グローバル設定　＞　デフォルトテンプレート　で「グローバル」を選択
• グローバル設定　＞　デフォルトテンプレート　に新規作成用テンプレートを設定
• Inherit Parent Templateを復活（有効化）　※Inherit Template = From First Siblingであることを確認