フォーム入力画面→確認画面の受け渡しでリファラをどのように受け渡しているのかが不明ですが、「フォームデータが変化しない」とのことなので、cfFormMailerで定義したinputでの受け渡しをしているものと仮定します。 cfFormMailerは確認画面から入力画面に戻った時のために、入力された項目のデータを一旦セッションに退避させて、戻った場合に入力値を戻すという動作が含まれています。この時退避したデータが次に入力画面に入った際復元されてしまうということでしょう。 スニペット本体「class.cfFormMailer.inc.php」の122行目あたりに退避、338行目あたりから復元の動作...

assets/plugins/tinymce/js/xconfig.js
のmce_valid_elementsのfigcaptionの後ろあたりにnavを加えてみたらどうでしょう？
変更後のjsが確実に読み込まれればnavも消えなくなると思います。

checkTokenの挙動自体はおそらく正常です。
ただ、ファイル管理におけるファイル削除ではcheckTokenが2度呼ばれており、1度目の戻し直前で「$_SESSION['token']」の値をリセットしているため、2度目はトークンが合わずfalseが返されるのが原因のようです。アップロード動作に関してはfiles.dynamic.phpを見る限り、URL遷移なしで動作しているのに対し、削除動作はフレームの中でwindow.location.hrefによってURL遷移しているので、このあたりが2度呼ばれてしまう原因なのかもしれませんね。