注意点
MODXをクリーンインストールしてからデータをインポートするとシステムの不整合が発生します。MODXは実行コードもデータに含むためです。

この注意書きがあったため、DBのバックアップだけでは不十分なのかと考えておりました。
最低限、DBとMODXのバージョンを合わせる必要があると思います。

manager/include/　にありますが・・・新規インストールしちゃいましたか・・・

元に戻すには、上書き前のassetsディレクトリとmanagerディレクトリが丸ごと必要と思います・・・

もしくは、HTMLに出力したファイルがあれば元に戻せるかもしれませんが・・・

想像でしかありませんが、何らかの原因でデータベース設定の記入されていない
config.inc.php を上書きしてしまってはいないでしょうか？